Unité Mixte
de Recherche

Biologie et Génétique
des Interactions Plante-Parasite

Campus International
de Baillarguet
34398 Montpellier Cedex 5


Copyright © CIRAD 2009
Group 5 : Biology and Evolution of Phytopathogenic Fungi - BECphy
Leader : Didier Tharreau
Tél : 04 99 62 48 39
Secretary : Geneviève Bourelly

Plant parasitic fungi adapt very quickly to biotic and / or abiotic constraints. This evolutionary potential leads to the emergence of new diseases and recurrent loss of effectiveness of control measures (development of resistance to fungicides or resistance breakdown of varieties).

To assess the risk of emergence and to define new strategies for durable control, our objective is to understand how populations of plant-pathogenic fungi develop and adapt. By theoretical and experimental approaches in epidemiology and evolutionary biology, we address the following research topics:

1 - Origin of emerging diseases
2 - Importance of various evolutionary forces in the adaptation
3 - Genetic constraints on traits involved in adaptation
4 – Epidemilogical and adaptative dynamics of fungi in agroecosystems

Biological models studied

Magnaporthe oryzae
causing the rice blast disease

Phytophthora megakarya
causing of black pod disease of cacao
Mycosphaerella fijiensis
causing the black leaf streak disease of banana

Characterization of pathosystems
Thanks to our expertise in plant pathology, we contribute to the phenotypic and genetic characterization of varietal resistance, to epidemiology, to taxonomy and to the development of diagnostic tool on the two main models and other models with high agronomic impact, mainly in the tropics.

Ressources and knowhow

  • Population genetics and genomics of fungi
  • Evolutionary biology of fungi and modelisation
  • Mycology
  • Worldwide collections of strains
  • Genetic maps
  • Genome sequences
  • Molecular markers
  • High throughput genotyping
  • Inoculations under controlled conditions

In France: CBGP (Montpellier), ISEM (Montpellier), CEFE (Montpellier), ISA (Sophia-Antipolis), IGEPP (Rennes), AGAP (Montpellier), UR CIRAD 26 (Montpellier), ESE (Orsay), BIOGER (Grignon), SAVE (Bordeaux), IAM (Nancy), BIOGECO (Bordeaux), IRHS (Angers), Centre Français du Riz (Arles), UAG (Pointe-à-Pitre)

Abroad: PRI (Pays bas), Univ. Purdue (USA), CARBAP (Cameroun), IDIAF (République Dominicaine), INISAV (Cuba), CATIE (Costa Rica), Fofifa (Madagascar), YAAS (Chine), YAU (Chine), CIAT (Bolivie), Embrapa (Brésil), IRAD (Cameroun).

Main Projects
  • BIOFIS (2011-2014): Bioagresseurs et espèces invasives: de l’individu à la population à l’espèce. Projet Agropolis Foundation coordonné par A. Estoup & J.-Y. Rasplus (INRA - UMR CBGP).
  • GARP (2010-2013) : Gestion agronomique de la résistance à la pyriculariose. Projet ANR-Systerra coordonné par J.L Nottéghem (Montpellier SupAgro - UMR BGPI).
  • GEMO (2010-2013): Génomique évolutive de Magnaporthe oryzae. Projet ANR-Génomique, coordonné par E. Fournier (INRA – UMR BGPI).
  • MENERGEP (2012-2013): Methodologies and new resources for genotyping and phenotyping of African rice species and their pathogens for developing strategic disease resistance breeding programs. Projet GRISP coordonné par D. Silué (AfricaRice) & A. Ghesquières (IRD – UMR DIADE).
  • EMILE (2009-2012) : Etude des Méthodes d'Inférence et Logiciels pour l'Evolution. Projet ANR Blanc coordonné par J.-M. Cornuet (INRA - UMR CBGP).
  • CABARE (2011-2014) : Réseau caribéen pour la prévention et le contrôle durable des maladies émergentes du bananier. Projet européen, programme InterReg IV coordonné par C.Abadie (UMR- BGPI) et PY Teycheney (UMR-AGAP).
  • EMERFUNDIS (2008-2011): Comprendre les émergences de maladies fongiques de plantes : vers une estimation des risques liés aux changements globaux. Projet ANR coordonné par J. Carlier (CIRAD - UMR BGPI).
  • Projet ATF (2008-2011): Gestion et réversibilité de la résistance aux fongicides chez Mycosphaerella fijiensis, agent causal de la Maladie des raies noires du bananier. Projet Européen coordonné par L. de Lapeyre de Bellaire (CIRAD – UR 26).
  • GENBLAST (2008-2010): Deciphering the genetic basis of field resistance to blast in European rice varieties to improve breeding for durable resistance. Projet de la Communauté Européenne (EraNet-Plant Genomics) coordonné par R. Carreres (IVIA, Espagne).
  • EURIGEN (2008-2010) : Genotyping for the Conservation and Valorization of European Rice Germplasm. Projet de la Communauté Européenne (Agri-Gen-Res) coordonné par P. Piffanelli (PTP, Italie).
  • ModPEA (2009-2010) : Dynamique et évolution des stratégies de vie des ravageurs. Projet Fondation Agropolis coordonnée par V. Ravigné.



Islam MT, Croll D, Gladieux P, Soanes DM, Persoons A, Bhattacharjee P, Hossain MS, Gupta DR, Rahman MM, Mahboob MG, Cook N, Salam MU, Surovy MZ, Sancho VB, Maciel JL, NhaniJúnior A, Castroagudín VL, Reges JT, Ceresini PC, Ravel S, Kellner R, Fournier E, Tharreau D, Lebrun MH, McDonald BA, Stitt T, Swan D, Talbot NJ, Saunders DG, Win J, Kamoun S. 2016. Emergence of wheat blast in Bangladesh was caused by a South American lineage of /Magnaporthe oryzae/. BMC Biol. 14(1):84. DOI: 10.1186/s12915-016-0309-7

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Maud Thierry (2016-2019) Diagnostic et inférence de l'histoire évolutive des lignées endémiques et pandémiques de Magnaporthe oryzae spp causant la pyriculariose du riz, du blé et d'autres Poacées sauvages.
Thèse Cirad. Encadrement

Clara Landry (2011-2015) Modélisation des dynamiques de maladies foliaires de cultures pérennes tropicales à différentes échelles spatiales : cas de la cercosporiose noire du bananier
Thèse Cirad. Encadrement C. Abadie et F. Bonnot - Dir. Thèse : J. Vaillant (Univ. Antilles)

Virginie M’Fegue (2009-2012) Origine et mécanismes de dispersion des populations de Phytophthora megakarya, pathogène du cacaoyer au Cameroun. Thèse IRAD-CIRAD. Encadrement M. Ducamp, D. Tharreau, J. Carlier.

Audrey Andanson (2007-2010
) : Evolution de l’agressivité des champignons phytopathogènes, couplage des approches théorique et empirique. Encadrement F. Halkett, B. Marçais, V. Ravigné). Thèse ASC INRA. Depuis 2010 - Post-doc UMR BIOGECO, Bordeaux.

Marine Déon (2009-2012). Importance de la Cassiicoline en tant qu’effecteur de Corynespora Leaf Fall (CLF) chez l’hévéa. Développement d’outils pour le contrôle de la maladie. Encadrement. Valérie Pujade, D. Bieysse.

Adrien Rieux (2008-2011) : Etude des processus de dispersion et des flux géniques chez un champignon phytopathogène : le cas de Mycosphaerella fijiensis à l’échelle d’un bassin de production Camerounais. Thèse CIFRE Bayer. Encadrement J. Carlier, L. de Lapeyre de Bellaire, V. Ravigné. Post doc UCL genetics institute (UGI), Londres.

Dounia Saleh (2008-2011) : Conséquences de la domestication du riz sur son principal agent pathogène fongique, Magnaporthe oryzae : structure des populations, dispersion et évolution du régime de reproduction. Thèse INRA-CIRAD. Encadrement E. Fournier et D. Tharreau.

Musoli Pascal (2004 – 2007) : Recherche de sources de résistance à la trachéomycose du caféier Coffea canephora Pierre, due à Fusarium xylarioides Steyaert en Ouganda. Thèse INCO. Encadrement D. Bieysse, C. Cilas, T. Leroy.

Stéphanie Robert (2008-2012) : Routes d’expansion mondiale du champignon phytopathogène Mycosphaerella fijiensis. Conséquences sur la variabilité des traits liés à l’agressivité et le potentiel adaptatif. Thèse CIRAD/Région Languedoc-Roussillon. Encadrement C. Abadie, J. Carlier et V. Ravigné.



Benoit Barrès (2008-2009): Histoire des populations du champignon Microcyclus ulei parasites de l’hévéa. Post-doc CIRAD/Michelin. Depuis 2009 - Post-doc UMR BIOGECO, Bordeaux.

Eric Bazin (2008-2009) : Etude par simulations des déterminants de l'adaptation chez les espèces envahissantes. Post-doc ANR. Depuis 2010 - Maître de Conférences, Université Joseph Fourier, Grenoble.

asques et ascospores de Magnaporthe orizae - copyright : JL Notteghem spores Magnaporthe oryzae - copyright : JL Notteghem bactéries Xanthomonas pseudoalbilineans (gauche) et Xanthomonas albilineans (droite). Les deux produisent l'antibiotique albicidine (structure en haut de la photo - copyright : S. Cociancich/A. Mainz
  champignon Magnaporthe (vert) en train d'attaquer une feuille de riz - copyright : A. Delteil/JB Morel test d'anticorps sur puceron (Mysus persicae) - copyright : MS Vernerey/M. van Munster/M. Uzest