Unité Mixte
de Recherche

Biologie et Génétique
des Interactions Plante-Parasite
 

CIRAD
UMR-BGPI TA A-54/K
Campus International
de Baillarguet
34398 Montpellier Cedex 5
FRANCE


Nous contacter

Copyright © CIRAD 2009
Equipe 7 : Microbiote des Plantes et Quarantaine (MicroQuar)

Chef d'équipe : Philippe ROUMAGNAC
philippe.roumagnac@cirad.fr
Tél : 04 99 62 48 29
Assistante : Florence Barthod

 
Composition de l'équipe

Chercheurs/Ingénieurs

Assistants techniques

Doctorants
Jean-François Bousquet
Jean-Heinrich Daugrois
Emmanuel Fernandez
Denis Filloux
Serge Galzi (1/2 temps)
Isabelle Guinet-Brial
Isabelle Pieretti
Philippe Roumagnac
Christian Vernière
Romain Ferdinand
Charlotte Julian (CDD - 1/2 temps)
Laurence Blondin (7/10 temps)
Essowé Palanga
Pascal Alonso (2016-2019)

1. Mission de l'équipe
Nous nous sommes fixés pour mission de décrypter la diversité des microbiotes associés aux quarantaines des plantes de l’unité et à des agroécosystèmes modèles méditerranéens et tropicaux. Dans ce contexte, notre équipe représente une interface importante de la recherche avec la profession et le terrain mais aussi avec les autres équipes de l’UMR, les partenaires scientifiques régionaux, nationaux et internationaux avec le souci permanent de transférer vers les opérations de quarantaine canne à sucre les améliorations techniques et les innovations issues de la recherche fondamentale. Ces allers-retours entre recherches fondamentale et appliquée représentent l’originalité de notre équipe.

Agents pathogènes de la canne à sucre
Projet de recherche

Notre objectif est de décrire, caractériser et comprendre la diversité des microorganismes associés aux quarantaines des plantes de l’unité (canne à sucre et igname), à des cultures modèle (riz et manioc) et à des agroécosystèmes méditerranéens et tropicaux pilotes. Pour répondre à cet objectif principal, la métagénomique virale a été au cœur de nos travaux. Nous avons mis en place ces dernières années des travaux méthodologiques permettant d’utiliser en routine cette approche et d’en estimer les avantages et les inconvénients en termes de diagnostic et d’épidémiologie/écologie virale. Au-delà de l’analyse sans a priori des virus des plantes, nous développons depuis 2016 des approches de métagénomique microbienne dans l’espoir de maitriser à moyen terme une approche de métagénomique globale multi-pathogène des plantes.


Actions et résultats scientifiques


Diagnostic et caractérisation de nouveaux virus
Dans le cadre d’un projet ANR (SafePGR ; 2012-2015), notre équipe a comparé plusieurs approches de métagénomique dans l’optique d’estimer si le diagnostic de routine effectué en quarantaine et dans les centres de ressources biologiques pouvait être envisagé par le biais de la métagénomique virale. Cette étude a révélé que les approches de métagénomique virale ne sont pas encore utilisables en routine pour le diagnostic de quarantaine. Néanmoins, ces approches ont permis de découvrir 21 nouveaux virus infectant les 6 plantes modèles du projet. La caractérisation de ces nouveaux virus ainsi que la mise au point de tests de diagnostic ont été réalisés ou sont toujours en cours d’optimisation.

En marge de la mise au point de l’approche de métagénomique virale, d’autres approches innovantes de diagnostic ont été mises au point dans l’équipe. A titre d’exemple, nous avons mis au point en collaboration avec l’Université de Floride et le Kari au Kenya deux nouveaux tests utilisant une nouvelle technique de détection (LAMP) de deux agents pathogène de la canne à sucre (Sugarcane yellow leaf virus et Xanthomonas albilineans).



Epidémiologie et écologie
La métagénomique virale est aussi utilisée pour caractériser la diversité virale présente au sein de deux agroécosystèmes méditerranéens (le fynbos de la région floristique du Cap et les zones humides de Camargue). L’objectif principal de ces travaux est de caractériser la prévalence et la diversité génétique des phytovirus identifiés au sein des deux agroécosystèmes pilotes et de déterminer les dynamiques spatio-temporelles, évolutives et démographiques des virus identifiés.
Par ailleurs, des travaux de typage moléculaire menés à Montpellier et en Guadeloupe se sont traduits par des avancées des connaissances épidémiologiques et écologiques concernant les maladies de la canne à sucre causées par le Sugarcane yellow leaf virus et le Sugarcane bacilliform virus.

Diversité et évolution des virus intégrés
L’étude des virus intégrés dans le génome de l’igname a permis de mettre en évidence la présence de séquences virales endogènes. Ces travaux ont conduit à la détection d’un gène viral intégré au génome de l’igname qui, des millions d’années après son intégration, est potentiellement encore fonctionnel.

Bioinformatique

De nombreux pipelines d’analyse et d’archivage des données de métagénomique ont été et seront adaptés ou développés dans l’équipe. A titre d’exemple ces pipelines ont permis d’inventorier les virus présents dans les ESTs (Expressed Sequence Tag) des plantes.


Perspectives de recherche
Plusieurs fronts de recherche en métagénomique et épidémiologie/écologie s’ouvrent actuellement avec des questionnements sur le rôle biologique des virus et bactéries à différentes échelles de l’agroécosystème (plante, parcelle, paysage). Nous chercherons à mieux comprendre l’effet de forces de sélection sur l’évolution du microbiote des agroécosystèmes modèles et sur la relation existant entre les perturbations du microbiote de l’agroécosystème et l’occurrence de maladies émergentes. Ces fronts sont ou seront traités notamment dans le cadre de deux thèses, qui focaliseront sur deux culture s pilotes : 1/la culture du niébé en Afrique de l’ouest (Burkina Faso et Togo) en collaboration avec le LMI Patho-BIOS de Ouagadougou et 2/la culture du riz dans la région chinoise du Yunnan, pour laquelle nous analyserons pour partie le microbiote des plants de riz prélevés en Chine. Outre l’étude du virome, nous comparerons les diversités bactériennes cultivables et celles issues des travaux de barcoding microbien. Nous essaierons à partir de ces résultats de décrypter le rôle joué par le microbiote sur l’homéostasie de l’agroécosystème des terrasses du Yuanyang, c’est à dire la capacité qu’a cet agroécosystème à éviter l’explosion démographique d’agents pathogènes du riz.


Expertise et développement

Visacane, service de quarantaine de canne à sucre du Cirad, est une plateforme pour l’échange international de variétés saines de canne à sucre (100-130 variétés/an). Elle a pour principales missions : la détection des agents pathogènes dans le matériel végétal importé, l’élimination des agents pathogènes et le transfert de matériel végétal sain. Visacane importe et exporte des variétés dans une trentaine de pays producteurs, vers des périmètres sucriers et des centres de création variétale. Les droits de propriété intellectuelle des obtenteurs de variétés sont garantis par des contrats appropriés. Ce service de quarantaine s’est développé grâce à notre expertise dans le diagnostic et l’assainissement des plantes et est en interaction avec le réseau international du Cirad.

Outre ces travaux de production de variétés saines de canne à sucre, le service quarantaine est impliqué dans l’expertise internationale (phytosanitaires ; R et D) et dans la formation internationale (détection moléculaire des maladies de la canne à sucre à Montpellier).


Rayonnement et attractivité académiques


• Participation à des réseaux scientifiques nationaux et internationaux
- Plant Virus Ecology Network
- French Network on Xanthomonas
- International Society of Sugar Cane Technologist.
- International Association of Professionals in Sugar and Integrated Technologies

• Participation à l’organisation de congrès nationaux et internationaux : Organisation du 4ème workshop du réseau international Plant Virus Ecology Network (PVEN) à Montpellier en mai 2011.

• Réalisation d’expertises pour des revues scientifiques de haut niveau et pour l’évaluation de projets scientifiques soumis à des appels nationaux (ANR, FWO Flandres).

• Participation à des groupes de travail nationaux (Métaprogramme MEM de l’INRA, groupe “Pathobiome”).

Site internet Visacane

Publications

2016
Amata R., Fernandez E., Filloux D., Martin D.P., Rott P.C., Roumagnac P. (2016). Prevalence of Sugarcane yellow leaf virus in sugarcane producing regions in Kenya revealed by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification method. Plant Disease. In Press.

Jacques MA, Arlat M, Boulanger A, Boureau T, Carrère S, Cesbron S, Chen NW, Cociancich S, Darrasse A, Denancé N, Fischer-Le Saux M, Gagnevin L, Koebnik R, Lauber E, Noël LD, Pieretti I, Portier P, Pruvost O, Rieux A, Robène I, Royer M, Szurek B, Verdier V, Vernière C. 2016. Using ecology, physiology, and genomics to understand host specificity in Xanthomonas. Annual Review of Phytopathology, 54:163-187.

2015
Roossinck M.J., Martin D.P., Roumagnac P. (2015). Plant Virus Metagenomics: Advances in Virus Discovery. Phytopathology, 105: 716-727.

Kraberger S., Farkas K., Bernardo P., Booker C., Argüello-Astorga G., Mesleard F., Martin D.P., Roumagnac P., Varsani A. (2015). Identification of novel Bromus- and Trifolium-associated circular DNA viruses. Archives of Virology, 160 (5): 1303-1311.

Delaunay A., Dallot S., Filloux D., Dupuy V., Roumagnac P., Jacquot E. 2015. SNaPshot and CE-SSCP: two simple and cost-effective methods to reveal genetic variability within a virus species. In: Lacomme Christophe (ed.). Plant pathology: techniques and protocols. New York: Springer [Etats-Unis], p. 187-206. (Methods in Molecular Biology, 1302). http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-2620-6_15

Filloux D., Dallot S., Delaunay A., Galzi S., Jacquot E., Roumagnac P. 2015. Metagenomics approaches based on virion-associated nucleic acids (VANA): an innovative tool for assessing without A priori viral diversity of plants. In : Lacomme Christophe (ed.). Plant pathology: techniques and protocols. New York : Springer [Etats-Unis], p. 249-257. (Methods in Molecular Biology, 1302). http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-2620-6_18

Filloux D., Murrell S., Koohapitagtam M., Golden M., Julian C., Galzi S., Uzest M., Rodier-Goud M., D'Hont A., Vernerey M.S., Wilkin P., Peterschmitt M., Winter S., Murrell B., Martin D.P., Roumagnac P. 2015. The genomes of many yam species contain transcriptionally active endogenous geminiviral sequences that may be functionally expressed. Virus Evolution, 1 (1): 17 p. http://dx.doi.org/10.1093/ve/vev002

Leduc A., Traoré Y.N., Boyer K., Magne M., Grygiel P., Juhasz C.C., Boyer C., Guérin F., Wonni I., Ouédraogo L., Vernière C., Ravigné V., Pruvost O. 2015. Bridgehead invasion of a monomorphic plant pathogenic bacterium: Xanthomonas citri pv. citri, an emerging citrus pathogen in Mali and Burkina Faso. Environmental Microbiology, 17 (11): p. 4429-4442. http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.12876

Mensi I., Daugrois J.H., Pieretti I., Gargani D., Fleites L., Noëll J., Bonnot F., Gabriel D. W., Rott P. 2015. Molecular Plant Pathology, 11 p. Surface polysaccharides and quorum sensing are involved in the attachment and survival of Xanthomonas albilineans on sugarcane leaves. http://dx.doi.org/10.1111/mpp.12276

Pruvost O., Goodarzi T., Boyer K., Soltaninejad H., Escalon A., Alavi S.M., Javegny S., Boyer C., Cottyn B., Gagnevin L., Vernière C. 2015. Genetic structure analysis of strains causing citrus canker in Iran reveals the presence of two different lineages of Xanthomonas citri pv. citri pathotype A*. Plant Pathology, 64 (4): p. 776-784. http://dx.doi.org/10.1111/ppa.12324

Roumagnac P., Granier M., Bernardo P., Deshoux M., Ferdinand R., Galzi S., Fernandez E., Julian C., Abt I., Filloux D., Mesleard F., Varsani A., Blanc S., Martin D.P., Peterschmitt M. 2015. Alfalfa leaf curl virus: an aphid-transmitted geminivirus. Journal of Virology, 89 (18) : p. 9683-9688. http://dx.doi.org/10.1128/JVI.00453-15

Wang N., Jin T., Trivedi P., Setubal J.C., Tang J., Machado M.A., Triplett E., Coletta-Filho H.D., Cubero J., Deng X., Wang X., Zhou C., Ancona V., Lu Z., Dutt M., Borneman J., Rolshausen P.E., Roper C., Vidalakis G., Capote N., Catara V., Pietersen G., Al-Sadi A.M., Srivastava A.K., Graham J.H., Leveau J., Ghimire S.R., Vernière C., Zhang Y. 2015. Announcement of the international citrus microbiome (phytobiome) consortium. Journal of Citrus Pathology, 2 (1): p. 1-2. http://escholarship.org/uc/item/5xp3v2rc#page-1

2014
Acina Manbole I.N., Bonheur L., Svanella-Dumas L., Filloux D., Gomez R.M., Faure C., Lange D., Anzala F., Pavis C., Marais A., Roumagnac P., Candresse T., Teycheney P.Y. 2014. Molecular characterization of yam virus X, a new potexvirus infecting yams (Dioscorea spp) and evidence for the existence of at least three distinct potexviruses infecting yams. Archives of virology, 159 (12) : 3421-3426. http://dx.doi.org/10.1007/s00705-014-2211-3

Candresse T., Filloux D., Muhire B., Julian C., Galzi S., Fort G., Bernardo P., Daugrois J.H., Fernandez E., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P. 2014. Appearances can be deceptive: Revealing a hidden viral infection with deep sequencing in a plant quarantine Context. PLoS One, 9 (7) : e102945 (13 p.). http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0102945

Daugrois J.H., Boisne-Noc R., Rott P. 2014. Leaf surface colonization of sugarcane by Xanthomonas albilineans and subsequent disease progress vary according to the host cultivar. Plant disease, 98 (2) : 191-196. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-02-13-0195-RE

Débibakas S., Rocher S., Garsmeur O., Toubi L., Roques D., D'Hont A., Hoarau J.Y., Daugrois J.H. 2014. Prospecting sugarcane resistance to Sugarcane yellow leaf virus by genome-wide association. Theoretical and applied genetics, 127 (8) : 1719-1732. http://dx.doi.org/10.1007/s00122-014-2334-7

François S., Bernardo P., Filloux D., Roumagnac P., Yaverkovski N., Froissart R., Ogliastro M. 2014. A novel itera-like densovirus isolated by viral metagenomics from the sea barley Hordeum marinum. Genome Announcements, 2 (6) : e01196 (2 p.). http://dx.doi.org/10.1128/genomeA.01196-14

Frouin J., Filloux D., Taillebois J.E., Grenier C., Montes F., De Lamotte F., Verdeil J.L., Courtois B., Ahmadi N. 2014. Positional cloning of the rice male sterility gene ms-IR36, widely used in the inter-crossing phase of recurrent selection schemes. Molecular breeding, 33 (3) : 555-567. http://dx.doi.org/10.1007/s11032-013-9972-3

Girard J.C., Noëll J., Larbre F., Roumagnac P., Rott P. 2014. First report of Acidovorax avenae subsp. avenae causing sugarcane red stripe in Gabon. Plant disease, 98 (5) : 684. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-09-13-0914-PDN

Seal S., Turaki A., Muller E., Lava Kumar P., Kenyon L., Filloux D., Galzi S., Lopez-Montes A., Iskra Caruana M.L. 2014. The prevalence of badnaviruses in West African yams (Dioscorea cayenensis-rotundata) and evidence of endogenous pararetrovirus sequences in their genomes. Virus research, 186 : 144-145. International Plant Virus Epidemiology Symposium. 12, 2013-01-28/2013-02-01, Arusha, Tanzanie. http://dx.doi.org/10.1016/j.virusres.2014.01.007

Umber M., Filloux D., Muller E., Laboureau N., Galzi S., Roumagnac P., Iskra Caruana M.L., Pavis C., Teycheney P.Y., Seal S. 2014. The genome of African yam (Dioscorea cayenensis-rotundata complex) hosts endogenous sequences from four distinct badnavirus species. Molecular plant pathology, 15 (8) : 790-801. http://dx.doi.org/10.1111/mpp.12137

Vayssier-Taussat M., Albina E., Citti C., Cosson J.F., Jacques M.A., Lebrun M.H., Le Loir Y., Ogliastro M., Petit M.A., Roumagnac P., Candresse T. 2014. Shifting the paradigm from pathogens to pathobiome: new concepts in the light of meta-omics. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 4 (29) : 7 p. http://dx.doi.org/10.3389/fcimb.2014.00029

2013
Bernardo P., Albina E., Eloit M., Roumagnac P. 2013. Métagénomique virale et pathologie. MS-Médecine Sciences, 29 (5): 501-508. <URL: http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2013295013>

Bernardo P., Golden M., Akram M., Naimuddin, Nadarajan N., Fernandez E., Granier M., Rebelo A., Peterschmitt M., Martin D.P., Roumagnac P. 2013. Identification and characterisation of a highly divergent geminivirus: Evolutionary and taxonomic implications. Virus Research, 177 (1): 35-45. <URL: http://dx.doi.org/10.1016/j.virusres.2013.07.006>

Gouy M., Rousselle Y., Bastianelli D., Lecomte P., Bonnal L., Roques D., Efile J.C., Rocher S., Daugrois J.H., Toubi L., Nabeneza S., Hervouet C., Telismart H., Denis M., Thong-Chane A., Glaszmann J.C., Hoarau J.Y., Nibouche S., Costet L. 2013. Experimental assessment of the accuracy of genomic selection in sugarcane. Theoretical and Applied Genetics, 126 (10): 2575-2586. <URL: http://dx.doi.org/10.1007/s00122-013-2156-z>

Guinet-Brial I., Girard J.C., Roumagnac P., Daugrois J.H., Fernandez E., Rott P. 2013. Visacane: an innovative quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm. In : Proceedings of the XXVIII ISSCT Congress, São Paulo, Brazil 2013 june 24-27. S.l. : D.M. HOGARTH. Proc. Int. Soc. Sugar Cane Technol., Vol. 28 pp 1150-1162

Mensi I., Girard J.C., Pieretti I., Larbre F., Roumagnac P., Royer M., Rott P. 2013. First report of Sugarcane leaf scald in Gabon caused by a highly virulent and aggressive strain of Xanthomonas albilineans. Plant Disease, 97 (7): 988. <URL: http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-01-13-0044-PDN>

Rott P., Fleites L., Mensi I., Sheppard L., Daugrois J.H., Dow J.M., Gabriel D.W. 2013. The RpfCG two-component system negatively regulates the colonization of sugarcane stalks by Xanthomonas albilineans. Microbiology-SGM, 159 (6): 1149-1159. <URL: http://dx.doi.org/10.1099/mic.0.0657480>

2012
Daugrois J.H., Boisne-Noc R., Champoiseau P., Rott P. 2012. The revisited infection cycle of Xanthomonas albilineans, the causal sgent of leaf scald of sugarcane. Functional Plant Science and Biotechnology, 6 (2 special issue): 91-97.

Girard J.C., Fernandez E., Daugrois J.H., Roques D., Roumagnac P., Rott P. 2012. Genetic diversity of Sugarcane yellow leaf disease in a sugarcane selection plot in Guadeloupe (FWI). International Sugar Journal, 114 (1358): 96-100.

Roumagnac P., Richaud P., Barakat M., Ortet P., Roncato M.A., Heulin T., Peltier G., Achouak W., Cournac L. 2012. Reversible oxygen-tolerant hydrogenase carried by free-living N2-fixing bacteria isolated from the rhizospheres of rice, maize, and wheat. [Open Access]. MicrobiologyOpen, 1 (4): 349-361. <URL: http://dx.doi.org/10.1002/mbo3.37>

2011
Accou-Demartin M., Gaborieau V., Song Y., Roumagnac P., Marchou B., Achtman M., Weill F.-X. 2011. Salmonella enterica serotype typhi with nonclassical quinolone resistance phenotype. [Open Access]. Emerging Infectious Diseases, 17 (6): 1091-1094. <URL: http://dx.doi.org/10.3201/eid1706.101242>

Daugrois J.H., Edon-Jock C., Bonotto S., Vaillant J., Rott P. 2011. Spread of Sugarcane yellow leaf virus in initially disease-free sugarcane is linked to rainfall and host resistance in the humid tropical environment of Guadeloupe. European Journal of Plant Pathology, 129 (1): 71-80. <URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10658-010-9693-y>

Martin D.P., Biagini P., Lefeuvre P., Golden M., Roumagnac P., Varsani A. 2011. Recombination in Eukaryotic single stranded DNA viruses. [Open Access]. Viruses, 3 (9): 1699-1738. <URL: http://dx.doi.org/10.3390/v3091699>

Muller E., Dupuy V., Blondin L., Bauffe F., Daugrois J.H., Laboureau N., Iskra Caruana M.L. 2011. High molecular variability of sugarcane bacilliform viruses in Guadeloupe implying the existence of at least three new species. Virus Research, 160 (01-févr): 414-419. <URL: http://dx.doi.org/10.1016/j.virusres.2011.06.016>

Saumtally A.S., Viremouneix T.R., Ahondokpê B., Girard J.C., Castlebury L.A., Dixon L., Glynn N.C., Comstock J.C. 2011. First report of orange rust of sugarcane caused by Puccinia kuehnii in Ivory Coast and Cameroon. Plant Disease, 95 (3): 357. <URL: http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-09-10-0690>

Vaillant J., Puggioni G., Waller L.A., Daugrois J.H. 2011. A spatio-temporal analysis of the spread of Sugarcane yellow leaf disease. Journal of Time Series Analysis, 32 (4): 396-406. <URL: http://dx.doi.org/10.1111/j.1467-9892.2011.00730.x>

Vogler A.J., Chan F., Wagner D.M., Roumagnac P., Lee J., Nera R., Eppinger M., Ravel J., Rahalison L., Rasoamanana B.W., Beckstrom-Sternberg S.M., Achtman M., Chanteau S., Keim P. 2011. Phylogeography and molecular epidemiology of Yersinia pestis in Madagascar. [Open Access]. PLoS Neglected Tropical Diseases, 5 (9): e1319 [11 p.]. <URL: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pntd.0001319>

2010
Côte F., Galzi S., Folliot M., Lamagnère Y., Teycheney P.Y., Iskra Caruana M.L. 2010. Micropropagation by tissue culture triggers differential expression of infectious endogenous Banana streak virus sequences (eBSV) present in the B genome of natural and synthetic interspecific banana plantains. Molecular Plant Pathology, 11 (1): 137-144. <URL: http://dx.doi.org/10.1111/J.1364-3703.2009.00583.X>

Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M., Feldkamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R., Lichtner P., Rahalison L., Petersen J.M., Balloux F., Keim P., Wirth T., Ravel J., Yang R., Carniel E., Achtman M. 2010. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nature Genetics, 42 (12): 1140-1143. <URL: http://dx.doi.org/10.1038/ng.705>

Sangal V., Harbottle H., Mazzoni C.J., Helmuth R., Guerra B., Didelot X., Paglietti B., Rabsch W., Brisse S., Weill F.-X., Roumagnac P., Achtman M. 2010. Evolution and population structure of Salmonella enterica serovar Newport. Journal of Bacteriology, 192 (4): 6465-6476. <URL: http://dx.doi.org/10.1128/JB.00969-10>

Song Y., Roumagnac P., Weill F.-X., Wain J., Dolecek C., Mazzoni C.J., Holt K.E., Achtman M. 2010. A multiplex single nucleotide polymorphism typing assay for detecting mutations that result in decreased fluoroquinolone susceptibility in Salmonella enterica serovars Typhi and Paratyphi A. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 65 (8): 1631-1641. <URL: http://dx.doi.org/10.1093/jac/dkq175>

Chimard F., Vaillant J., Daugrois J.H., 2010. Modélisation de répartitions d’occurrences-spatio-temporelles et épidémiologie végétale. 9ème rencontre ThéoQuant 2009, ISSN : 1769-6895 http://thema.univ-fcomte.fr/theoq/fr/publications.php?menus=publications


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Pascal Alonso : 2016-2019
Etude du virome et du microbiote d'un système rizicole séculairement durable en Chine

Carolina FLORES MARQUEZ
: 2014-2017
Characterization of cassava bacterial blight in Venezuela: population diversity of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis and its talome / Caractérisation du dépérissement bactérien du manioc au Vénézuela : diversité des populations de Xanthomonas axonopodis pv. manihotis et de son Talome.

Leidy RACHE : 2014 -2017
Genetic diversity and molecular epidemiology of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis agent of cassava bacterial blight in Columbia / Diversité génétique et épidémiologie moléculaire de Xanthomonas axonopodis pv. manihotis agent du dépérissement bactérien du manioc en Colombie.

Essowé Palanga : 2013-2016
Amélioration de la lutte contre les maladies virales du niébé au Togo et au Burkina Faso par une caractérisation génétique et pathologique du phytovirome et par la recherche chez la plante de sources de résistance. (Financement : SCAC)

Pauline BERNARDO : 2011-2014
La géo-métagénomique : déchiffrer les dynamiques spatiales, démographiques et évolutives des phytovirus associés à deux agro-écosystèmes à climat méditerranéen

Sarah DEBIBAKAS : 2009-2012
Impact de la diversité génétique du SCYLV sur les déterminismes de résistance de la canne à sucre à la maladie de la feuille jaune

asques et ascospores de Magnaporthe orizae - copyright : JL Notteghem spores Magnaporthe oryzae - copyright : JL Notteghem bactéries Xanthomonas pseudoalbilineans (gauche) et Xanthomonas albilineans (droite). Les deux produisent l'antibiotique albicidine (structure en haut de la photo - copyright : S. Cociancich/A. Mainz
  champignon Magnaporthe (vert) en train d'attaquer une feuille de riz - copyright : A. Delteil/JB Morel test d'anticorps sur puceron (Mysus persicae) - copyright : MS Vernerey/M. van Munster/M. Uzest